ハーバード大学は、世界有数の日本研究コレクションを所有しており、ライシャワー日本研究所ではそれらの維持及び発展に大きく貢献しています。
ハーバードイェンチン図書館における日本関連の蔵書は35万冊にのぼり、文学、宗教、日本の近代における戦後政治、社会そして経済発展を含む歴史など、多岐の分野にわたります。また、ファング図書館、ハーバード大学ロースクール図書館、ハーバードマップコレクション、ルーベルアジア研究コレクションでも、多くの日本語文献を所蔵しています。
2017年、ファング図書館内に日本デジタルリサーチセンター（元現代日本研究資料センター）を開設。新たに開設されたセンターでは、日本に関する電子媒体資料の拡充、また日本研究における様々なデジタルプロジェクトを立ち上げています。
Rübel Asiatic Research Collection