ライシャワー日本研究所の所長は、エグゼクティブ・コミティーのシニア・ファカルティより選出され、ファカルティ・オブ・アーツ・アンド・サイエンス部門のディーンとの協議により任命されます。
歴代所長一覧：
- メアリー・C・ブリントン（2018-2023）
- カレン・L・ソーンバー（2020年秋学期、所長代理）
- テオドル・C・ベスター（2015-2018）
- ウェスリー・M・ヤコブセン（2014-2015）
- テオドル・C・ベスター （2012-2014）
- アンドリュー・D・ゴードン（2011-2012）
- スーザン・J・ファー（2004-2011）
- アンドリュー・D・ゴードン（2003-2004）
- スーザン・J・ファー（2002-2003）
- アンドリュー・D・ゴードン（1998-2002）
- ヘレン・ハーデカー（1995-1998）
- 入江 昭（1991-1995）
- ハロルド・ボライソ（1988-1991）
- ハワード・S・ヒベット（1985-1988）
- アルバート・M・クレイグ（1983-1985）
- ドナルド・H・シャイブリー（1981-1983）
- エドウィン・O・ライシャワー（1974-1981）