ライシャワー日本研究所の地域へのアウトリーチ活動として、公開イベント、文化交流、セミナー等が挙げられます。1974年に始まったジャパン・フォーラムシリーズでは800回に上るセミナーが行われています。コンファレンス、ワークショップ、レクチャー、映画上映、展示会等、他のセンターや部局と連携しながら学内における日本研究の推進のため、周辺のコミュニティー、また国内外から参加者を募っています。
また、在ボストン日本国総領事館、ボストン日本協会、ボストン美術館、ピーボディ・エセックス博物館、その他近郊の大学まで、ニューイングランド地方の様々な団体と協力関係を結んでいます。ニューイングランドを拠点とする日本研究者にリサーチ・アソシエイトの職位を付与し、マサチューセッツ工科大、タフツ大学、ボストン大学等、様々な大学・研究機関とのネットワークを構築しています。
海外との連携も積極的に行っており、日本の主要な大学や研究機関と交換留学協定を結び、教員の研究や大学院生を支援しています。一例として、早稲田大学との「Waseda's 125th Anniversary Commemorative Junior Visiting Researcher from Harvard Universityプログラム」が挙げられます。また、当研究所は東京の国際文化会館の企業メンバーとして所属している他、講談社と長年にわたり交流を行っています。さらに、日本とハーバードの交流を図り、学生生活充実のための様々なイベントや展示も盛んに行われています。
学部生対象のインターンシップ先として、日本の多くの大学、研究機関、企業との連携を行っています。岡山ロータリークラブ、国際基督教大学、昭和女子大学、また近年新たにジェネレイト・パートナーズ、東京工業大学、インターネット・ビジネス・ジャパン、光通信等と連携を進めています。
また近年、デジタルプロジェクトを通して日本の関係機関と協力関係を結んでいます。慶應義塾大学との連携で2015年に開設した「日本憲法改正プロジェクト」(CRJP) は、現在、上智大学、北海道大学、延世大学、早稲田大学、東京大学の研究者も関わっています。また2011年の東日本大震災以降開設された「日本災害デジタルアーカイブ」(JDA) は、3.11メモリーズ（国立情報学研究所）、 3.11まるごとアーカイブス、朝日新聞 AJW、東日本大震災アーカイブス Fukushima、 河北新報災害アーカイブ、みちのく震録伝（東北大学）、せんだいメディアテーク、東京財団、 Yahoo! JAPAN、 東日本大震災アーカイブのHidenori Watanave氏、国立国会図書館、日本放送協会等様々な関係機関と連携しています。今後も関係機関とのさらなる協力、連携の強化を目指します。